Megatón fue construido por un grupo de personas que originalmente planeaban buscar asilo en el Refugio 101, pero no pudieron debido a la política aislacionista del supervisor ("nadie entra, nadie sale"). Al no tener un lugar donde quedarse, buscaron refugio en un gran cráter hecho por el accidente de un bombardero durante la Gran Guerra, existiendo en el centro de dicho cráter una bomba nuclear sin detonar, parte de la carga de combate del avión. Estos colonos, liderados por el padre de Manya Vargas, construyeron sus hogares con secciones de aviones de un aeródromo cercano. La bomba sin detonar, que da nombre al asentamiento, aún permanece en el centro del mismo, ya que fueron ayudados por los Hijos de Átomo, quienes adoran cualquier manifestación de la energía nuclear y que consideraban a la bomba como un objeto sagrado.
